Los pocos que quedaron en la aljama fueron expulsados de Granada. El rey al-Mutammid de Sevilla los acogió nombrando a Isaac Ibn Albalia como rabino mayor de todo su reino con la orden de restaurar la Escuela que hubiese en Granada.
Ibn Negrella dejó a su hijo una aljama grande y próspera con un naguid (gobernador) como visir al frente de ella y en 1162, los pocos que quedaban, convertidos a la fuerza al Islam por los almorávides, fueron aplastados por los almohades. Obligados a vestir de azul y gorro amarillo, dejaron de montar a caballo y vestir de seda. Se calcula que en 1492 apenas si había un millar de judíos en Granada.
El contrapunto a Granada lo hallamos en la Taifa de Zaragoza. Allí encontramos a otro de los maestros de Lucena, Jonah ibn Yanah junto a Moses ibn Samuel haCohen ibn Chikatilia.
La judería de Zaragoza prospera y junto al rey al-Mundhir encontramos a un ministro judío, Yekutiel ibn Hasan. No será el único, posteriormente encontraremos Abu Fadl Ibn Hasdai asesorando al rey. El vigor de la aljama llegará hasta el siglo XV.
Es significativo que el Siglo de Oro de la literatura hebrea medieval se concentre en esta taifa. Por ella no solo pasó el Cid luchando bajo bandera de los Banu Hud si no que su situación estratégica entre Castilla, Aragón y los Condados Catalanes, le propició una paz debidamente administrada por su diplomacia. Y es aquí, en este siglo XI tan tempestuoso, donde encontramos a sus principales representantes.
La obra de Salomón Ibn Gabirol es la expresión mística de la poesía religiosa. Escrita en árabe, expresará un saber teológico que influirá en los grandes maestros cristianos posteriores, siendo el Avicebrón de los escolásticos. Ibn Ezra nos dice que murió en Lucena hacia 1050.  Los traductores Judah ibn Tibbon y Shemtob Ibn Falaquera se ocuparon de hacernos llegar sus obras. Sus Azarot son exposiciones sobre los 613 preceptos. Una de ellas se utiliza en el servicio de Shavuot. Pero si su Fons Vitae fue libro de cabecera para los escolásticos, para la comunidad judía lo fue el Keter Malkhut (Corona Real). Es su máxima obra poética y es un canto a D-os y a la Creación. Se recita después del servicio vespertino de Yom Kippur.
Josef Ibn Paquda (1040-1110) fue Dayan (juez rabínico) en Zaragoza. Su obra principal, Hobot ha-lebabot, escrita en árabe, nos llega en hebreo gracias de nuevo a la traducción de Tibbon. En su tratado, dentro de la mística hebrea, nos dice Ibn Paquda que el peligro a que debe hacer frente un alma piadosa consiste en la rutina y el anquilosamiento. El remedio no es otro que fortalecer el espíritu para que pueda vivir sin peligro dentro del mundo. Las obligaciones de la Ley son beneficios que el hombre ha recibido del Creador.
Por último, el más rompedor, Yehuda Ha-Levi (1075-1141). Aunque nació en Tudela, este médico trotamundos vivió en Zaragoza. Incansable viajero, conoció tanto el territorio musulmán como el cristiano para decir: “curo a Babel pero ella sigue siendo miserable”.
Jerusalén siempre fue su meta. Se veía a sí mismo como un desterrado obligado a vivir lejos de su patria. Hacia 1120 escribía a su amigo David de Narbona: “Suspiro por el instante en qu D-os me de libertad para irme a los lugares en donde se halla la ciencia vivificante y las fuentes de la sabiduría”.
Su final no puede ser más legendario. Se dice que un jinete árabe le asesinó cuando, frente a los muros de Jerusalén, recitaba su Elegía por Sión. En esos momentos, Jerusalén era la capital del reino cruzado.
Se cree que él fue el autor del cuento de “Los Tres Anillos” y es el primer poeta en el que se encuentran versos en castellano. Casi toda su obra está escrita en hebreo y se puede decir que con él termina la influencia árabe en la cultura hebrea, iniciando así un nacionalismo israelita con un único fin: Jerusalén. Para ha-Levi, la nación judía y la tierra prometida forman un todo completo. El retorno a Jerusalén es una necesidad imprescindible, un mandato.
Su obra más conocida es el Kadosh de la Amidá para Yom Kippur “El Himno de la Creación”.
“Prueba y fundamento de la religión menospreciada” fue su libro más famoso aunque no fue conocido con este largo título si no con el de “Kuzarí”, pues se presenta como un diálogo entre un rabino y el rey de los Kházaros.
La llegada de los almorávides a finales del siglo XI significó una vuelta a la ortodoxia musulmana llena de intransigencia y más dificultades para la comunidad judía, que cada vez más emigraba a un norte auspiciado por los reyes cristianos.
El saber talmúdico tendió a concentrarse en Lucena con Ibn Hasdai e Ibn Gayat a la cabeza. Se pagó una muy considerable suma de dinero a los almorávides para seguir subsistiendo, algo que los almohades en 1148 no toleraron. Al morir el último de los gaones babilónicos a principios de siglo, Lucena se convirtió en la directora espiritual del judaísmo con Isaac al-Fasí como director de la Escuela.